清遠市河流眾多，分屬珠江水系和長江水系，屬珠江水系的有北江區(qū)、桂賀江區(qū)及珠江三角洲區(qū)。其中，北江區(qū)的集雨面積最大，占全市94.7%，桂賀江區(qū)占4.12%，珠江三角洲區(qū)占0.65%，屬長江水系的洞庭湖區(qū)集雨面積最小，僅占0.5%左右。全市集雨面積100平方千米以上的河流有74條，其中集雨面積1000平方千米以上的河流有北江、連江、潖江、濱江、滃江、煙嶺河、青蓮水等。
2021年，全市年降雨量2023.9毫米，折合降雨總量387.62億立方米，地表水資源量為251.38億立方米，地下水資源量58.17億立方米。全市水庫年末蓄水總量10.91億立方米，其中大型水庫年末蓄水總量7.55億立方米，中型水庫年末蓄水總量3.36億立方米。全市總（用）水量18.06億立方米，其中地表水源占97.13%；地下占2.6%。全市用水消耗量為7.79億立方米。
全市人均用水量456立方米，萬元GDP用水量101.61立方米，萬元工業(yè)增加值用水量21.32立方米，農田灌溉畝均用水量734.1立方米，城鎮(zhèn)居民人均生活用水量170升/日，農村居民人均生活用水量120升/日。
